يتولى الإشراف على المندوبية الوزارية المكلفة بحقوق الإنسان، المندوب الوزاري بمقتضى الظهير الشريف رقم 1.18.102 الصادر بتاريخ 11 دجنبر 2018.
وبالإضافة إلى ديوان المندوب الوزاري، تنتظم المندوبية الوزارية وفق التنظيم الإداري التالي:
- كتابة عامة يتولاها كاتب عام وفق الاختصاصات المحددة بموجب المرسوم رقم 2.93.44 بتاريخ 29 أبريل 1993 المتعلق بوضعية الكتاب العامين بالوزارات.
- ثلاث مديريات، يشرف عليها مدراء وفقا للمرسوم رقم 2.97.364 بتاريخ 16 يونيو1997 المتعلق بوضعية مديري الإدارة المركزية، وهي:
– مديرية التنسيق والنهوض بحقوق الإنسان.
– مديرية الحوار والشراكة مع الهيئات والجمعيات الوطنية.
-مديرية الدراسات القانونية والتعاون الدولي.
- قسم مكلف بالشؤون الإدارية والمالية ملحق بالكتابة العامة.